По этой веской причине Али-паше важно было не торопиться с генеральной морской баталией. Однако султан предписал ему вывести флот навстречу противнику и разгромить его. Турецкая армада стала курсировать в Эгейском море. Дон Хуан Австрийский знал обо всем этом, и потому стал активно искать встречи с Али-пашой.
Султанский флот состоял из 210 быстроходных галер и 65 парусных галиотов. Флот Священной лиги (Испании, Венеции и Папской области) насчитывал 203 галеры и 6 венецианских галеасов – высокобортных парусно-гребных кораблей.
Поскольку решающим фактором в предстоящей битве было противоборство галер, то здесь преимущество христиан виделось явным. Каждая галера союзников имела на борту не менее 150 испанских солдат-мушкетеров. На турецких же галерах находились отряды янычар всего по 30–40 человек, из которых только примерно треть имела аркебузы.
Дон Хуан выстроил для битвы свой флот следующим образом. Он лично командовал центром боевой линии (62 галеры). Левым флангом (53 галеры) начальствовал венецианский адмирал Барбариго. Правым (50 галер) – генуэзский флотоводец Дориа. Позади центра располагался резерв: 30 галер испанского маркиза Санта-Круса и 8 – сицилийского капитана Кардоны.
Впереди союзного флота в линию встали 6 венецианских галеасов. Их преимущество перед галерами состояло в том, что они имели пушки не только на носу и корме, но еще и по бортам. Галеасам предстояло принять на себя первый удар турецкой армады.
Али-паша при Лепанто командовал центром боевой позиции из 91 галеры и 5 галиотов. Правым крылом (53 галеры, 3 галиота) начальствовал александрийский паша Мегмет-Сирокко. Левым крылом (61 галера, 33 галиота) – алжирский паша Улуг-паша. Большими ошибками в таком построении султанского флота стали слабость правого фланга и откровенная слабость резерва (5 галер и 25 галиотов).
Битва началась около 12 часов дня, когда флот Священной лиги начал свое развертывание у входа в залив Патрос. Однако волнение на море и несвоевременность выполнения команд дона Хуана привели к слому боевой линии: корабли генеузского адмирала Дориа оторвались от центра и ушли вперед, а сицилийские галеры заметно отстали.
Когда ветер на море утих, турки, выстроившись в боевую линию заранее, первыми устремились в атаку на галеасы венецианцев. Пушечный огонь с них не причинил особого вреда галерам Али-паши, которые устремились на абордаж вражеских галер.
В одночасье в море перед Лепанто завязались многие десятки абордажных схваток. Преимущество в них оказалось на стороне европейцев: испанские мушкетеры расстреливали команды вражеских галер еще на подходе. Аркебузные пули и стрелы, пущенные янычарами из луков, оказались малоэффективным средством ведения морского боя. Да и численность абордажных команд оказалось на стороне союзников.
В центре битвы сошлись две флагманские галеры. Корабль дона Хуана Австрийского смело атаковал турецкую галеру, над которой развевалось знамя Али-паши. Она была взята испанцами на абордаж, а султанский флотоводец убит.
Лепантское морское сражение закончилось под вечер. Часть турецких галер выбросилась на берег, а их экипажи и янычары бежали. Остальные корабли султанского флота были или потоплены, или захвачены (20 судов) в качестве трофеев. Из 267 кораблей турки потеряли 205. Остальным удалось спастись бегством. Флот Священной лиги потерял всего 13 галер.
Потери турецкого флота в людях составили примерно 30 тысяч человек убитыми и пленными. Победители потеряли убитыми свыше 7 тысяч человек, в том числе 15 капитанов-венецианцев. В это число не входят подневольные галерные гребцы, которых только на кораблях Венеции насчитывалось около 2,5 тысяч человек.
В 1576 году энергичный дон Хуан получил назначение на пост наместника испанских Нидердандов, где началась освободительная буржуазная революция. Так победитель при Лепанто превратился по королевскому указу из флотоводца в полководца. Появившись в Нидерландах, он стал проводить политику жестокого, кровавого террора по отношению к противникам королевской власти.
Свое первое крупное сражение наместник Испании провел 31 января 1578 года у Жамблу. Он имел под своим командованием 20 тысяч испанцев. Примерно столько же имел нидерландский генерал Жоинье, отступавший от города Намюра. Дон Хуан Австрийский двинулся в преследование, выслав вперед отборный отряд в 1600 человек под командованием Гонзага и Мондрагона. Они атаковали арьергард нидерландцев, под командованием графа Филиппа д Эгмонта и рассеяли его.