После отражения штурма псковичи восстановили разрушенную часть крепостной ограды. В проломах были поставлены деревянные срубы и туры.
Уязвленный большой неудачей, король Стефан Баторий приказал начать минную войну против русской крепости. Осажденным удалось узнать, что враг ведет девять подкопов: в Псков бежал «прежде русский, полоцкий стрелец именем Игнашь».
Шуйский приказал рыть контрподкопы – «слухи». Когда они сошлись под землей с неприятельскими (перед Покровской и Свиной башнями), то их взорвали пороховыми минами. Остальные вражеские подкопы обрушились сами. Так полководец Стефан Баторий проиграл минную войну против осажденного им Пскова.
Осада продолжалась. В конце сентября начались холода, а 4 сентября выпал первый снег. Вражеский стан постоянно обстреливался из крепостных орудий. 11 октября князь-воевода Иван Шуйский вывел на вылазку около 3 тысяч пеших воинов и 500 конников. Вылазки за крепостную стену делались в самых разных местах, держа королевские войска в постоянном напряжении.
28 октября состоялся второй штурм Пскова. Наемная венгерская пехота перешла по льду реку Великую и стала, прикрывшись щитами, кирками и лопатами разбивать фундамент крепостной стены, чтобы ее обрушить в реку. Это был опасный момент в истории Псковской осады: «градоемцы и каменосечцы» оказались вне досягаемости стрельбы из ручных пищалей.
Тогда воеводы приказали в этом месте «частые окна провертеть сквозь стену, и из тех окон из ручниц стрелять и копьями колоть». Итогом того штурма стало то, что почти всех «приступивших перебили».
Тогда Стефан Баторий решил одолеть псковских «сидельцев» новыми атаками крепости, которые следовали одной за другой. «Из наряда по граду пять дней били, и во все те пять дней крепкими приступами к городу приступали». Король, штурмовавший Псков беспрерывно пять дней, постоянно посылал в бой свежие отряды. И все неудачно.
Особенно опасным оказался штурм в день 2 ноября, когда осадные орудия неприятеля обрушили – «сбили стену от Великой реки». Когда «королевские гайдуки и ротмистры» по речному льду устремились к свежему пролому, то их встретил убийственный огонь из «многих» пушек и ручниц.
После этих пяти штурмовых дней королю Стефану Баторию пришлось перейти к «тихому обложению» Псковской крепости. 1 декабря король Стефан Баторий уехал в Литву, оставив в осадном лагере за старшего гетмана Яна Замойского. Понимая, что вражеская армия долго не продержится в осаде, Иван Шуйский «участил» вылазки за крепостные стены. Продолжался обстрел осадного стана из дальнобойных пушек.
Последняя – «конечная» вылазка псковского гарнизона состоялась 4 января 1582 года. В ней участвовало несколько тысяч пеших и конных русских ратников. Под крепостными стенами произошла настоящая ожесточенная битва в поле. В тот же день королевская армия ушла из-под Пскова, а псковичи открыли, наконец-то, городские ворота.
Гетман Ян Замойский после такой неудачи своего монарха в ходе Ливонской войны покушался на жизнь князя-воеводы Ивана Шуйского. 9 января в город прибыл «русский полоняник» (отпущенный на волю пленник) с «великим ларцом» для «князя Ивана Петровича с казной, которую бы один посмотрел, а иным бы не давал смотреть».
Шуйский разгадал вражескую хитрость. Его мастера «отомкнули ларец далеко за воеводской избой». В «великом ларце» оказалась не «казна», а «двадцать четыре самопала, занаряженных на все четыре стороны, на верх же всыпано с пуд зелья». «Самопальный замок» адской машины Средневековья должен был сработать сразу, как только начнет открываться крышка «ларца с казной».
Псковская оборона стала вершиной славы в воеводской биографии боярина и князя Ивана Петровича Шуйского. У потомка суздальско-нижегородских князей была сложная судьба. Опричнина жестоко прошлась по «княжатам» Шуйским. Поэтому Иван Шуйский первое свое воеводское назначение «в Данков» получил только в 1570 году.
Долгое время воеводствовал на «крымской украине». Командовал сторожевыми полками в Коломне и Кашире, отличился в войне с ханом Девлет-Гиреем. Во главе сторожевого полка во время Ливонской войны «ходил на немецкие города». В 1580 году стал псковским наместником, то есть князем-воеводой, которому было поручено «бережение» Псковщины.
Царь Иван Грозный перед смертью включил боярина Ивана Шуйского, прославленного защитой Пскова, в состав регентского совета при царе Федоре Ивановиче. Однако князь-воевода не поладил с Борисом Годуновым, был отправлен в ссылку, а затем убит.