Крестьянство, согнанное многими десятками тысяч человек на возведение дамб, не выдержало каторжного труда и подняло восстание.
Напрасными оказались императорские указы, которые запрещали китайцам носить и хранить оружие.
Во главе повстанческих «красных войск» встали способные военные вожди. Среди них оказался некий самозванец Хань Шань-тун, объявивший себя потомком Сунской императорской династии и новым правителем. Другим вождем стал полководец восставшего крестьянства Лю Фу-тун, одним из ближайших помощников которого стал Чжу Юань-чжан.
Народными врагами объявлялись не только монголы, но и все китайские чиновники, служившие Юаням. В своих воззваниях крестьянские вожди писали о негодности юаньской власти: «Порядок правления слабый, а порядок наказаний тяжелый… Люди едят людей… Воры стали чиновниками, а чиновники ворами».
Особый размах действия «красных войск» получили в Северном Китае. Со временем повстанцы-крестьяне перешли от партизанской войне к полевой и стали нападать на большие города. На севере Китая ими были захвачены Кайфын, Датун, области, примыкавшие к Великой китайской стене.
Вскоре войска повстанцев подошли к императорской столице. Армия монгольской династии выступила из Узи, но сражение проиграла. После этого началось повсеместное изгнание монголов из Китая. Монгольская держава оказалась не в состоянии собрать достаточно войск для восстановления порядка в империи. Ее западные улусы отложились от Каракорума, и теперь самостийных ханов не заботили китайские дела.
Если на севере Китая «красные войска» вели боевые действия против собственно монгольских войск, то в долине реки Янцзы повстанцы действовали против юаньских властей и крупных землевладельцев, имевших собственные воинские отряды. Война приняла характер походов многотысячных войск восставших крестьян по провинциям Чжэцзян, Цзянси, Хубэй, Аньхой, Сычуань и других. В этих походах и прославил себя Чжу Юань-чжан.
Примечательным в народной войне против монгольской Юаньской династии было следующее. Большинство предводителей восставших после первых же военных успехов спешили объявить себя князьями и даже императорами.
Крестьянская война и действия отрядов повстанцев «продлили» жизнь Юаньской империи. Размах выступлений народных низов заставил китайскую знать объединиться с монгольской властью в борьбе против повстанцев. После такого изменения внутриполитической ситуации повстанцы стали терпеть частые поражения. В 1363 году разгрому подверглось значительное войско крестьянского полководца Лю Фу-туна, а сам он погиб.
После его гибели крестьянскую войну в Центральном Китае возглавил один из самых известных командиров «красных войск» Чжу Юань-чжан, в прошлом бродячий буддийский монах. Он сумел создать вместе со своим тестем купцом Го Цзы-сином хорошо организованную и бодрую духом 30-тысячную армию, неплохо вооруженную для «красных войск».
Чжу Юань-чжану и Го Цзы-сину удалось одержать ряд убедительных военных побед и взять под свой контроль значительные территории. После этого полководец повстанцев Чжу Юань-чжан сделал своей штаб-квартирой большой город Нанкин в нижнем течении реки Янцзы.
В соседних провинциях чиновники и богатые землевладельцы не встали на сторону монголов. Поэтому Чжу Юань-чжан многих из них приблизил к себе в качестве советников и ближайших помощников в государственных делах. Его окружение стало меняться, и о каком-то народном равноправии речи уже не велось.
Но при этом бывший бродячий буддистский монах, как потенциальный претендент на императорский престол, постоянно заботился о своей популярности в народе, прежде всего в многомиллионной массе китайского крестьянства. Своими указами он охранял крестьянские хозяйства от произвола местных чиновников. В военных поселениях был введен новый порядок хозяйствования: теперь полеводством занимались солдаты.
Чжу Юань-чжан сумел разгромить своих соперников, действовавших в долине реки Янцзы. После этого он во главе своей армии выступил из Нанкина в поход на север Китая. В 1368 году его полководец Сюй Да победно вступил в Пекин.
Перед этим Чжу Юань-чжан сумел разгромить немалое войско своего главного противника в повстанческом движении – сына лодочника Чэнь Юляня, который в ходе антимонгольского восстания стал самовластно править в провинции Чжэцзян. Белые знамена его воинских отрядов одно время развевались над многими городами Центрального Китая.