Ян Жижка во главе армии таборитов подошел к Праге намного ранее своих противников, но не стал располагать свои войска в самом городе. Для походного лагеря он выбрал Виткову гору близ города, к которому она была обращена своим восточным склоном. Протяженность горы составляла 4 километра. Табориты укрепились на ее вершине, построив со стороны Праги два деревянных сруба, которые укрепили еще стенами из камня и глины, и выкопав глубокие рвы. Получилась небольшая полевая крепость.
Первую вражескую атаку отбил отряд таборитов, вооруженный тяжелыми крестьянскими цепами для молотьбы зерна. Когда последовала вторая атака рыцарей на вершину горы, то на помощь войску Яна Жижки пришли жители Праги, среди которых оказалось большое число лучников. Сражение на Витковой горе закончилось полной победой таборитов. После этой неудачи немало германских феодалов покинуло императорское войско. И Сигизмунд I счел за лучшее оставить Прагу и уйти в свои владения.
Свое гетманство Ян Жижка начал с реорганизации войска таборитов. Под его руководством гуситы создали постоянную армию, набиравшуюся из добровольцев. Командиры отрядов (гетманы) были выборными. В 1423 году Ян Жижка разработал первый в Западной Европе воинский устав, который четко определял правила поведения воинов в бою, в походе и на отдыхе.
Гуситская армия существенно отличалась от войск крестоносцев. Главной ее силой являлась не тяжеловооруженная рыцарская конница, а хорошо организованная пехота. Первичной тактической единицей стала повозка с «экипажем» в 18–20 человек: командир, два стрелка из аркебуз или пищалей, 4–8 лучников, 2–4 цепника, сражавшихся в бою тяжелыми крестьянскими цепами, 4 копейщика, 2 щитника, прикрывавших в бою тяжелыми деревянными щитами лошадей и людей, 2 ездовых, управлявших лошадьми и сцеплявших повозки на стоянке.
Обычно армия гуситов состояла из 4–8 тысяч человек – хорошо обученных, дисциплинированных и организованных. Однако в случае необходимости Ян Жижка мог призвать под свои знамена значительно больше гуситских воинов, прежде всего ополченцев из близлежащих городов и селений.
Необычным для того времени было боевое построение армии гуситов. Всюду они создавали различные укрепления из сцепленных между собой цепями и ремнями тяжелых повозок. Такие укрепления впоследствии получили название «вагенбург».
Гуситы во время сражений обычно выжидали атаки рыцарской конницы и встречали ее огнем своей артиллерии, пулями аркебуз и пищалей, стрелами с тупыми бронебойными наконечниками. Когда дело доходило до рукопашной схватки, то тут в бой вступали цепники и копейщики. Разбитого врага гуситы преследовали и уничтожали, в то время как рыцари после выигранного сражения не спешили в преследование, а грабили убитых, раненых и пленных противников.
Гуситы успешно осаждали рыцарские замки и храбро шли на их штурм. Летом 1241 года при осаде замка Раби гетман Ян Жижка был ранен и потерял зрение, но остался во главе гуситской армии. Он видел теперь поле битвы глазами своих ближайших помощников и отдавал верные приказы.
В январе 1422 года гуситские войска разгромили в решающем сражении у Габра (преследование разбитых крестоносцев велось до Немецкого Брода) главные силы европейского католического рыцарства, участвовавшего во Втором крестовом походе. В том же году Жижка снял внезапным ударом блокаду с чешского города-крепости Жатец (Заац), осажденного императором Сигизмундом I, и затем удачно избежал вражеского окружения у города Колин.
Затем крестоносцев постигла еще одна неудача, когда они окружили походный лагерь таборитов на горе Владарь, недалеко от города Жлутиц. В этом бою табориты неожиданно для врага начали атаку с вершины вместе со своими повозками. Рыцари в страхе обратились в бегство, опасаясь бесславной гибели под колесами несущихся на них тяжелых повозок. Тех, кто избежал столкновения с повозками и не искал спасения в бегстве, разили пешие и конные табориты.
В 1422 году из Великого княжества Литовского на помощь таборитам пришла дружина, состоявшая из воинов-русичей. Около восьми лет они сражались бок о бок с чехами против немецких и иных крестоносцев.
Разгром последних во главе с Рино Спана ди Озора у Немецкого Брода и взятие гуситами укрепленного города Немецкий Брод были настолько впечатляющи, что Третий крестовый поход в Чехию состоялся только в 1426 году.
В этот раз крестоносцы собрались в огромную 70-тысячную армию. Ян Жижка во главе 25-тысячной армии таборитов решительно двинулся ей навстречу. У города Усти произошло большое сражение. Рыцари, закованные в броню, вновь оказались бессильными в атаке полевой крепости, построенной из 500 повозок. Чашу весов в битве перевесила контратака гуситской конницы. Несмотря на свое почти трехкратное превосходство, крестоносцы оказались разбиты наголову, и им пришлось отступить.