С конца XII века добавился, а в XIII веке необычайно усилился еще один фактор, весьма серьезно повлиявший на итоговую судьбу крестоносного движения — так называемая война гвельфов и гибеллинов, охватившая большую часть тогдашней Европы. Формально она началась как династический спор за императорскую корону между потомками Генриха Льва из дома Вельфов и потомками Фридриха Барбароссы из династии Штауфенов (сторонники Штауфенов свое прозвище «гибеллины» получили, вероятно, от замка Вейб-линген в Южной Германии, принадлежавшего Штауфенам). Однако эта династическая распря вскоре расколола почти всю Европу на две партии; причем сторонники Вельфов после поражения и гибели их светских вождей выбрали своим руководителем римского первосвященника. С этого времени война династий превратилась в войну папства и империи. Она очень быстро приняла исключительно ожесточенный характер, превратившись, по сути, в первую войну общеевропейского масштаба. В этих условиях римский престол не мог уже уделять прежнего внимания Святой Земле; более того, иногда прямо срывал крестоносные экспедиции, направляя войска паломников на борьбу против императора. Главным врагом церкви стали теперь не мусульмане, а Фридрих II Штауфен — германский император.
Война эта, вплоть до 1268 года, когда гвельфы одержали решающую победу над Штауфенами, отличалась небывалым упорством и жестокостью. Были разрушены десятки городов (особенно пострадала Италия), сотни тысяч людей были убиты. Армии, которые могли бы оказать серьезную помощь христианским государствам Ностока, теперь уничтожали друг друга в Германии и Италии. Но даже не это было главным. Выхолощенной оказалась сама идея крестового похода как борьбы за нору, за христианские святыни. Невероятный факт — император Фридрих II, сумевший после 40 лет исламского владычества вернуть Иерусалим христианству, был отлучен от церкви папой Иннокентием IV. Более того, от церкви был отлучен сам священный город Иерусалим (!) — после того, как Фридрих провел там свою коронацию как иерусалимского короля. Не брезговали папы и тем, что деньги, собранные на организаций крестовых походов и в помощь Святой Земле, направлялись на борьбу против гибеллинов, организацию крестовых экспедиций против католического же населения! Тем самым размывалась сама идея священной войны, которая изначально была все же идеей вооруженного паломничества, борьбы за освобождение святынь христианства.
Крестоносная концепция в XIII веке вообще стала очень расплывчатой. Ее, в зависимости от политической необходимости или просто стремления обогатиться н захватить новые земли, наполняли самым разнообразным содержанием. «Христовы воины» теперь действовали сразу на многих фронтах и, распыляя свои силы, объективно способствовали постоянным неудачам па главном театре военных действий — в Восточном Средиземноморье. Очень большие силы, особенно в первой половине XIII века, отвлекала испанская Реконкиста — так, в битве при Лас-Навас де Толоса в 1212 году участвовало от пятидесяти до ста тысяч воинствующих паломников из разных стран Европы. Но Реконкиста хотя бы лежала в общем русле борьбы за веру; к тому же в Испании находилась одна из главных христианских святынь — Сант-Яго де Компостела. А крестовый поход, объявленный папой в 1207 году, уже был борьбой внутри самого христианского мира и направлялся против еретического движения альбигойцев. На деле он превратился в войну северофранцузского рыцарства против всех жителей Южной Франции — неважно, были они сторонниками альбигойской ереси или правоверными католиками. Именно в альбигойской войне родилось бессмертное: «Христос своих узнает!», сказанное одним из католических епископов в ответ на вопрос о том, кого убивать в захваченном городе, если нельзя отличить католика от еретика. Альбигойская война длилась с перерывами несколько десятилетий- и превратила некогда цветущий и экономически передовой край в настоящую пустыню.
Еще два фронта крестоносной борьбы, не имеющие никакого отношения к первоначальной идее вооруженного паломничества, образовались в первой трети XIII века. Об одном из них уже говорилось ранее — он стал следствием Четвертого крестового похода и охватил часть Балканского полуострова и запад Малой Азии. Здесь католические воины вели борьбу против «схизматиков» (православных), то есть таких же христиан, K;Iк и они сами, но не подчинявшихся апостольскому римскому престолу. Война эта шла с переменным успехом и требовала постоянного пополнения воинских коптингентов, особенно после поражения крестоносцев иод Адрианополем в 1205 году. Надо сказать, что это южное направление вплоть до конца крестовой эпохи отвлекало на себя большую часть крестоносных сил, в том числе и потому, что потенциальные «борцы за веру» предпочитали идти воевать в близкую Грецию, нежели is далекий Левант.