В 1565 году все тот же Сулейман Великолепный направляет огромный флот на завоевание Мальты. Острием десантной армии является сорокатысячный корпус янычар — самой боеспособной части турецких войск. Против явно превосходящих сил мальтийцы смогли выставить около семисот рыцарей и восьми тысяч солдат. Однако Жан де Ла Валлетт показал себя достойным славы предшественников (да и сам он был ветераном осады 1522 года). Его разумное руководство, высокий боевой дух мальтийских рыцарей, к тому же активно поддерживаемых населением, сыграли свою решающую роль. После четырехмесячных бесплодных атак турки, потерявшие в непрерывных боях половину армии, вынуждены были покинуть Мальту. Велики были и потери иоаннитов: за время осады погибли двести сорок рыцарей и почти пять тысяч солдат. Но Мальта сумела отстоять свою независимость, а после смерти престарелого Сулеймана в 1566 году и особенно после тяжелого поражения турецкого флота в битве при Лепанто пятью годами позднее, опасность нового османского нашествия значительно уменьшилась. К тому же иоанниты никогда не забывали о постоянном укреплении своей твердыни.
После отражения турок началось строительство новой столицы — Ла-Валлетты, с первоклассной крепостью, была серьезно усилена фортификационная защита Гоцо и Комино. Сооружением новых укреплений орден занимался до последних дней своего пребывания на Мальте: форт Тинье был закончен в 1794 году.
Снижение опасности непосредственного турецкого вторжения после Лепанто позволило Мальтийскому ордену вернуться к уже испытанной им стратегии corso. С конца XVI века и вплоть до 1718 года корсарство является для госпитальеров излюбленной тактикой борьбы с турками и, в то же время, одним из основных способов пополнить богатства ордена. Чтобы обеспечить corso живой силой, в орденский статут было внесено дополнение: каждый мальтийский рыцарь должен был провести два с половиной года своей службы на военном корабле ордена. А поскольку недостатка в кавалерах ордена не наблюдалось — в начале XVII века гордое звание мальтийских рыцарей носили 1755 человек, — то и corso долгое время не знало проблем. Изменение экономической ситуации к концу XVII века, когда подавляющее большинство торговых кораблей стало христианскими, лишь заставило мальтийских корсаров сместить акцент в сторону борьбы с алжирскими и тунисскими пиратами. Но после завершения войны с Турцией в 1718 году .корсарство начало окончательно хиреть, так как и турецкие корабли находились теперь под защитой международного морского права. К тому же в борьбе с мусульманским пиратством немалых успехов добился французский флот, захвативший господство в Средиземном море. Всеобъемлющее падение доходов — в Европе тоже дела обстояли далеко не блестяще — заставило иоаннитов искать новые способы пополнения орденской казны. На смену corso и феодальной системе ленных платежей все больше приходят экономические методы. Так, в 1776 [оду урожай хлопка на Мальте принес большую прибыль, чем все остальные доходы ордена, вместе изятые; спустя десять лет продажа хлопка принесла почти три миллиона скудо* из общей суммы в пять миллионов. Значительные суммы давала эксплуатация порта Ла-Валлетты как крупной перевалочной базы средиземноморской торговли и места штормовой стоянки судов. Занимались рыцари Мальтийского ордена и военным сопровождением торговых судов и перевозкой на собственных кораблях особо ценных грузов. И вплоть до 1792 года положение госпитальеров оставалось достаточно стабильным.
Изменения в экономической жизни ордена не повлекли, тем не менее, никаких перемен в его внутренних законах. Наоборот, состоявшийся в 1776 году после долгого перерыва Великий капитул ордена св. Иоанна законодательно закрепил все действующие в братстве средневековые нормы. Мальтийский орден в стремительно меняющейся Европе, идущей к великим потрясениям Французской революции, оставался реликтом Средневековья.
Но новое время все активнее вмешивалось в жизнь этой замкнутой монашеско-рыцарской корпорации. В самый год выхода мальтийского кодекса римский папа распустил орден иезуитов — одну из главных опор Святого престола. Эпоха Просвещения ставила вопрос о полном уничтожении всех феодальных учреждений и порядков. Мальтийский орден для образованных людей того времени был лишь отживающим обломком прошлого. Только героическая семисотлетняя история военно-монашеского братства, да связи его руководителей с правящими кругами Европы сдерживали до поры до времени карающую длань общественного мнения, уже нависшую над головами иоаннитов.