Последствия для Зайцева оказались самые неблагоприятные. На него обрушилась научная критика; его не допустили к защите докторской диссертации, уволили из института. Он продолжал высказываться свободно и смело, предрекая развал СССР в 1980 году и последующий конец света.
Осенью 1978 года его арестовали, отправили на принудительное лечение в психиатрическую закрытую больницу. Его философско-мистическое учение было признано антисоветским. Тем более что он распространял свои листовки, где говорилось о предстоящем втором пришествии Христа. У него были видения (возможно, в результате сильных стрессов в заключении и лечебнице). Только через четыре года он, по ходатайству психиатров, вышел на свободу.
Слушая его лекцию об Иисусе Христе как пришельце из других миров, я заключил, что это тройная ересь: по отношению к официальной религии, науке и государстве иной идеологии. В 1991 году мы три долгих вечера беседовали и спорили. Он был интересным остроумным собеседником, а порой выступал как проповедник или пророк. На критические замечания реагировал спокойно и отвечал рассудительно. Маниакальной «зацикленности» на собственных идеях у него не было. Вот некоторые его высказывания, частично отредактированные:
— Жизнь справедливо определять как сочетание процессов. Более того, её можно понимать как особую форму движения, а разум — как саму его целенаправленность. Древнее выражение «и камни мыслят» содержит в себе определённую долю истины, поскольку в нашем понимании стирается грань между мёртвой и живой природой, а функция жизни распространяется в обе стороны: в микро- и макромир.
— Начало функции живого нужно искать в свойстве отражения (в философском смысле понятия), которое характерно в определённой степени и для «мёртвого» мира. Расширяется наше представление о носителях жизни: наряду с белком они обнаруживаются в нуклеиновых кислотах (не исключено, что есть и другие). Бесконечное развитие может мыслиться как смена качественно новых ступеней, как смена форм воплощения. Нет ничего удивительного, если развитие Вселенной будет пониматься как чередование стадий: …идея… материя…идея… материя… при таком чередовании бессмысленно говорить о приоритете идеи или материи.
— Вселенную можно представить неоднородной во времени. В ней могут одновременно быть зоны «молодые», достигшие «зрелости» и те, в которых эволюция в определённом смысле себя изжила, исчерпав запас своей энергии, «пропустив» материю через многие формы её организации. Разум, зародившись и развившись до высокого уровня, неизбежно вторгается в процесс стихийной эволюции Вселенной, ускоряя его, внося свои коррективы, направляя. Возможно, некоторые зоны Вселенной сейчас являются местом приложения усилий разума, создающего новые галактики и звёздные системы. Со временем таких зон может становиться всё больше и больше… Наряду с очагами Праразума не исключены и очаги юного Разума. Об этом нам остаётся только фантазировать. Реликтовое излучение, как и «кладбище звёзд», — это удивительно романтические загадки космологии, оставляющие большой простор для воображения. Я связываю реликтовый свет с проявлением Праразума во Вселенной. Возможно также, что это — «первозданный» свет мира, тот первоисточник энергии, который привёл в движение всю небесную механику.
— Современное человечество живёт не в мире чудес, а в ожидании их. Ни спутники и космические корабли, ни чудеса телевидения и электроники людей уже не поражают. Чем это объяснить? Может, тем, что «всякое чудо длится девять дней» — как гласит английская пословица? Или человечество вообще утратило способность удивляться? Тем не менее, люди ждут «чуда». Будущее должно принести «чудеса», тем более что теоретически некоторые из них уже обоснованы: 1) множественность разумных миров во Вселенной; контакты Земли с другими мирами; 2) положительное вмешательство в эволюцию человека, в наследственность; 3) антимир; 4) признание целесообразности во Вселенной; мысль о диалектике самой диалектики и другие.
— Нельзя всерьёз пророчествовать, ибо будущее всегда смеётся над лжепророками. А быть подлинным пророком дано не каждому. Поэтому мы будем говорить о будущем, сохраняя в резерве большую долю иронии в свой собственный адрес.
— Кривая прогресса, имеющая тенденцию превратиться в вертикаль, свидетельствует о том, что дальнейшее развитие должно идти принципиально иным, качественно новым путём. Будущее нашей цивилизации я вижу в постепенном отмирании тех её форм, которые сложились на протяжении предыдущего тысячелетия. Технический этап развития можно считать временным. Он потребовался только как условие, как ступень на пути развития человека, как средство пробуждения, активизации и универсализации умственных способностей человека-накопителя и реализатора информации.